Green Key er en selvstændig international mærkningsordning. Miljølæreorganisationen FEE, der også står bag andre mærkningsordninger som fx Blå Flag, står for det internationale arbejde. Den internationale styregruppe udstikker retningslinjerne, procedure og godkender kriterier og er sammensat af to repræsentanter fra FEE og to fra turistbranchen. Den daglig ledelse forestås af den internationale koordination, som sidder i et FEE sekretariat i Danmark.
I Danmark
Alle medlemmer af Green Key behandles, godkendes og kontrolleres løbende af en Jury bestående af Friluftsrådet og HORESTA, mens Miljøstyrelsen deltager som observatør med indflydelse på procedure og kriterier. Denne sammensætning sikrer et godt fagligt input til drift og udviklingen af miljømærket uafhængig af særlige erhvervsinteresser.
Sideløbende er der etableret et SusDaneable-netværk med aktører fra hele branchen fx VisitDenmark, som fungerer som et fagligt board for Green Key i Danmark.
HORESTA er eneejer af Green Key efter Campingrådet er gået konkurs og DANHOSTEL har trådt ud af ejerskabet.
HI/Halinspektørforeningen er delsekretariat for Green Sport Facility.